Gli scavi di Stabiae ebbero inizio il 7 giugno 1749 per volere di Carlo III di Borbone. Fu esplorato un impianto urbano, con botteghe e strade e sei ville residenziali sul ciglio del pianoro di Varano. Lo scavo avveniva, secondo l’uso del tempo, attraverso cunicoli rinterrando e passando ad altro quando i rinvenimenti non erano ritenuti degni di essere esposti al Museo Borbonico di Portici. Lo scavo, seguito dall’ingegnere spagnolo Alcubierre e dall’ingegnere svizzero Carl Weber iniziò dalla villa San Marco (1749-1754) quindi interessò la villa “del pastore” (1754) e la villa di Arianna con il complesso adiacente (1757-1762).
Dopo un’interruzione di circa tredici anni lo scavo riprese nel 1775 interessando la zona di villa Arianna e l’area di alcune ville rustiche del territorio dell’ager.
Il lavoro svolto dagli scavatori borbonici fu pubblicato nel 1881 da M. Ruggiero, architetto collaboratore del Fiorelli, allora direttore degli scavi di Pompei. Fu raccolta tutta la documentazione borbonica consistente in diari di scavo, disegni e grafici. Fu redatta anche una planimetria complessiva dei rinvenimenti effettuati nel territorio stabiano. Negli anni ’50 riprende l’interesse verso il sito stabiano, con lo scavo definitivo delle ville ad opera di L. D’Orsi. Per motivi di tutela e conservazione furono distaccati dalle ville numerosi affreschi poi raccolti nell’Antiquarium, inaugurato nel 1957.