Il Decreto Ministeriale 23 dicembre 2014, relativo alla Organizzazione e funzionamento dei Musei statali, istituisce – per Istituti dotati di autonomia – gli Organi istituzionali che sono:

1. il Direttore;
2. il Consiglio di Amministrazione;
3. il Comitato Scientifico;
4. Il Collegio dei revisori dei Conti 

Agli Organi Istituzionali spetta il compito di:

1. garantire lo svolgimento della missione del Museo;
2. verificare l’economicità, l’efficienza e l’efficacia dell’attività del Museo;
3. verificare la qualità scientifica dell’offerta culturale e delle pratiche di conservazione, fruizione e valorizzazione e comunicazione dei beni in consegna al Museo.